A atuação da Comissão Especial de Pesquisa em Agroenergia tem como foco estudos na cadeia de biocombustíveis, especificamente em sistemas de produção de espécies alternativas para o setor agroenergético. O objetivo principal é desenvolver e transferir conhecimento e tecnologias que contribuam para a produção sustentável da agricultura de energia e para o uso racional da energia renovável. Nos últimos anos, têm sido desenvolvidas pesquisas com as seguintes culturas: mamona, palma-de-óleo (dendê), girassol, pinhão-manso e macaúba.
