Introdução a Bioinformática aplicada a Agropecuária

Este curso introduz ao estudante uma visão geral sobre a Bioinformática e como está técnica pode ser utilizada para esclarecer problemas ligados a Agropecuária. Serão usados Plataformas computacionais de Acesso Livre e algoritmos clássicos no alinhamento de sequências. Uma visão geral sobre Banco de dados de Proteínas, Análises de proteínas, Alinhamentos de sequências, Introdução a Modelagem Molecular, Docking Molecular e estudos computacionais para a descoberta de novos fármacos, e uma visão geral de Dinâmica Molecular. Tem enfoque teórico e prático.

Bioinformática é um campo interdisciplinar que corresponde à aplicação das técnicas da ciência da informação aplicadas a solução de fenômenos da área da Ciências da Vida. Profissionais capacitados para analisar e desenvolver algoritmos que solucionem questões do metabolismo da vida tem sido cada vez mais demandado por um mercado crescente, tais como: Através da comparação de genomas, Sequenciamento Genético, no estudo das interações proteína-proteína ou proteína-ligantes, na simulação computacional de macromoléculas, previsão de interações ligante-proteína, proteína-proteína, ácidos nucléicos-proteína usando algoritmos de docking molecular, dinâmica molecular.

Neste curso pretende-se introduzir o estudante nesta vasta área do conhecimento e habilitá-lo a entender e conhecer as técnicas mais básicas e fundamentais da bioinformática, para que assim o acadêmico se interessando poder se aprofundar nesta área de conhecimento.

Carga horária: 88 Horas

Próxima turma: Segundo semestre de 2023

Período de inscrição:

Proporcionar aos profissionais da ciência agrária uma introdução à Bioinformática e à Biologia Computacional, com ênfase nos problemas computacionais e algoritmos comumente usados para alinhamento e análise de sequências e técnicas de triagem virtual de drogas com aplicação no setor agropecuário. Ao final deste curso o cursista deverá estar apto a: conhecer um pouco da história e do que é a bioinformática. Saber o que são e como usar bancos de dados para bioinformática. Compreender os algoritmos básicos de alinhamento de sequência e quando eles devem ser usados. Modelar proteínas utilizando algoritmos de computador. Realizar uma docagem molecular. E ter uma compreensão do processo de Dinâmica Molecular”

Estudantes curso Técnico que atuam no setor agropecuário, Profissionais de nível superior Agrônomos, Veterinários, formados ou em formação acadêmica.

Introdução a Bioinformática e a programação Python

(CH T: 2horas /CH L: 3horas /CH P: 2horas) 

  • Breve histórico da bioinformática
  • Algoritmos de Margaret Oakley Dayhoff Point Accepted Mutation (PAM) primeiros algoritmos usados em bioinformática.
  • Introdução a programação Python Breve compreensão da linguagem (variáveis, listas, tuplas, dicionários, loops e condicionais)

 

Banco de Dados e Recuperação de Informações & Alinhamentos

(CH T: 2horas /CH L: 3horas /CH P: 2horas) 

  • Sequenciamento e GenBank.
  • Protein Data Bank.
  • PubChem, ZINC 14 etc.

Trabalhando com as proteínas: Modelos Tridimensionais

(CH T: 2horas /CH L: 3horas /CH P: 8horas)

  • Instalação PyMOL.
  • Comandos básicos do PyMOL.
  • Uso do software Chimera e ChimeraX

Modelagem Molecular

(CH T: 2horas /CH L: 3horas /CH P: 12horas)

  • Introdução à Modelagem Molecular
  • Modelagem Comparativa por Homologia
  • Modelagem por Threading
  • Modelagem Ab initio / De novo
  • Prática modelagem de sequencias proteicas de organismos de interessa agropecuário.

 

Mutações e estudos computacionais para descoberta de novos fármacos: Drug Design

(CH T: 4horas /CH L: 3horas)

  • Atracamento Molecular (Docking Molecular)
  • Discussão teórica de Drug-Design
  • Algoritmos e potencialidade na Ferramenta

 

Prática docagem molecular

(CH L: 3horas /CH P: 12horas) 

  • Prática com Autodock Vina
  • Técnicas de Drug Design (QSAR, Dinâmica Molecular).

 

Introdução à Dinâmica Molecular

(CH T: 4horas /CH L: 3horas /CH P: 12horas) 

  • Uso do VMD (Visual Molecular Dynamics) e do NAMD (Scalable Molecular Dynamics)
  • Introdução ao Uso do Grommacs
  • Serão usadas a práticas dos Tutoriais dos referidos programas de Dinâmica Molecular.

Professor Eduardo José Azevedo Corrêa

Graduado em Ciências Biológicas com Licenciatura e Bacharelado, Mestrado em Biologia vegetal. Doutorando em Bioquímica e Biologia Molecular, UFSJ.

Serão disponibilizados materiais para leitura, áudio aulas, vídeo-aulas, estudos dirigidos, fóruns e tarefas, que serão realizadas online, no AVA (Ambiente Virtual de Aprendizado) do ITAP. Todas estas atividades totalizarão 21 horas, com atividades síncronas e assíncronas e participação do professor. Durante esta etapa, além do aprendizado com as técnicas do curso pretende-se que o cursista familiarize-se com técnicas do aprendizado em AVAs.  Para tanto, o cursista necessário de um computador com acesso à internet.

O curso também será oferecido na versão presencial, com carga horaria de 67 horas, realizadas no ITAP.  Serão 19 horas teóricas, seguidas por 48 horas de aula prática. Dessa forma, o aluno verá na prática a aplicação das técnicas possibilitando discussões sobre o conteúdo já estudados, permitindo que as aulas sejam mais interativas e que haja maior fixação dos conteúdos ministrado.

Total de horas do curso: 88 horas

Para o recebimento do Cerificado será exigido a aprovação no curso. Para aprovação no curso, o cursista deverá ter nota igual ou superior a 60%.