Agroecologia: estratégias ecológicas para o manejo de agroecossistemas, visando assegurar o aumento da produção, a conservação dos recursos naturais e a autonomia dos agricultores.

Cafeicultura: melhoramento genético das espécies Coffeaarabica e C. canephora; manejo integrado de pragas e doenças, manejo e tratos culturais, climatologia e aquecimento global, socioeconomia e pós-colheita.

Entomologia: controle biológico e alternativo de pragas, em hortaliças e em café.

Fitopatologia: diagnose e manejo de doenças de plantas com ênfase em doenças causadas por fungos e nematoides em hortaliças, feijão e café.

Forragicultura: pastagens; nutrição, manejo e irrigação.

Grandes culturas: feijão; cultivares, molibdênio e mofo branco; melhoramento de arroz.

Heveicultura: cultivo da seringueira

Microbiologia: leite e derivados, higiene e conservação de alimentos.

Olericultura: cultivo orgânico de hortaliças convencionais, não convencionais e espécies medicinais.

Piscicultura:espécies nativas, peixes ornamentais e produção e melhoramento de peixes de cortes.

Sementes: feijão, arroz, café, oleaginosas e hortaliças.

Silvicultura: técnicas de silvicultura clonal de espécies de rápido crescimento como mogno africano, cedro australiano, cedro rosado e eucalipto.

Suinocultura: avaliar o uso de aditivos melhoradores de eficiência alimentar, bem como a composição química, a digestibilidade e estratégias de utilização dos alimentos para suínos e também de fontes alternativas, sobretudo fontes energéticas e protéicas.

Matrizes e Reprodutores: Venda de animais da raça Gir Leiteiro de alto valor genético.

Análises Laboratoriais: Analise de solos (fertilidade, matéria orgânica e granulometria); Análises de sementes (pureza, sementes nocivas, teste de germinação, teste de vigor, tetrazólio e peroxidase) das espécies: algodão, arroz, feijão, gramíneas forrageiras, milheto, milho, soja e  trigo.

A EPAMIG Sudeste está localizada na região dos territórios de desenvolvimentodo Caparaó e Mata, agrupados em sete microrregiões (Juiz de Fora, Cataguases, Ubá, Viçosa, Ponte Nova, Manhuaçu e Muriaé). A região caracteriza-se por relevo acidentado e por pequenas propriedades de exploração familiar. O clima embora com algumas características comuns, apresenta diferenças significativas entre as microrregiões, o que constitui um fator importante para nortear as atividades de pesquisa e de desenvolvimento regional da EPAMIG Sudeste.