O Programa Estadual de Pesquisa em Agroecologia tem como objetivos o desenvolvimento rural sustentável e o aumento da produtividade aliados à conservação da biodiversidade e dos recursos naturais. As ações incluem o desenvolvimento de tecnologias adequadas à legislação aplicada aos sistemas orgânicos em diferentes agroecossistemas de Minas Gerais e o fortalecimento das parcerias entre a EPAMIG, agricultores e instituições pesquisa, ensino e extensão rural, com vistas à integração e aperfeiçoamento do processo de geração de conhecimento e de disseminação de tecnologias por meio de metodologias participativas.